Pour cette première saison, souvent jugée comme la meilleure de la série, le décor est planté et les caractères des personnages progressivement établi : Malcolm, le surdoué incompris, Reese, l’imbécile heureux, Dewey, le cadet malicieux et manipulateur, Lois, la mère tyrannique, Hal, le père totalement irresponsable, sans oublier Francis, le frère aîné envoyé en Alabama dans une école militaire dirigée par le Commandant Edwin Spangler, dans laquelle il défie une nouvelle fois l’autorité. La saison 1 marque les esprits par des intrigues inventives et des situations rapidement devenues cultes !
Épisode 1
Malcolm, découvre qu'il est atteint d'un mal incurable : il a un QI de 165 !
Épisode 2
Lois et Hal fêtent leur anniversaire de mariage. Mais Lois découvre sa robe de soirée brûlée...
Épisode 3
Lois et Hal confient à Francis la garde des trois enfants pour le week-end.
Épisode 4
Malcolm est rongé par le remords quand il apprend qu’il a frappé un enfant de sept ans...
Épisode 5
Malcolm est engagé comme baby-sitter dans une famille riche avec une somptueuse villa.
Épisode 6
Francis devient la cible de cinq terminales surnommés les frères de l'apocalypse.
Épisode 7
Francis décide de fuguer de son école militaire pour rejoindre sa bien-aimée.
Épisode 8
La classe de Malcolm organise un pique-nique où sont conviées les familles des « têtes d'ampoule ».
Épisode 9
Le patron de Lois se sert du prétexte d'un vol de Dewey pour la licencier du Lucky Aide.
Épisode 10
Hal emmène les garçons voir une course automobile, les faisant sécher l'école.
Épisode 11
La famille doit se rendre aux funérailles de tante Helen, « dévorée par ses chats »
Épisode 12
Reese intègre le groupe de pom-pom girls pour séduire une fille dont il est tombé amoureux.
Épisode 13
Malcolm décide de prendre des cours de rollerskates auprès de son père, ancien champion de patins.
Épisode 14
Lois part au chevet de Francis, opéré d'une appendicite, laissant Hal esseulé à la maison avec les garçons.
Épisode 15
Malcolm, Reese et Dewey profitent de leur mère alitée à cause d'une grippe pour ne pas aller à l'école.
Épisode 16
Lois et Hal partent avec Malcolm et Reese dans un parc aquatique, laissant Dewey entre les mains d'une baby-sitter.